Bonjour à tous, je m'appelle Ulfa Bousseta-CHARFI, je suis assistante en virologie au CHU Nord de Saint-Etienne et je vais vous présenter mon travail que j'ai fait dans le cadre de mon DES de biologie médicale sur la place du test syndromique BioFire méningite en céphalite en pédiatrie. Pour cette présentation, je déclare n'avoir aucun conflit d'intérêt et j'ai utilisé des images libres de droit. Pour commencer, une petite introduction. La méningite correspond à une triade inconstante de céphalées, vomissements, raideurs méningées. L'encéphalite, elle, correspond à une présence du critère majeur qui est l'apparition d'une diminution ou d'une altération du niveau de conscience, une léthargie ou un changement de personnalité durant plus de 24 heures sans cause identifiée, plus au moins 3 des critères mineurs qui sont la fièvre, les crises généralisées ou partielles, l'apparition récente de troubles neurologiques focaux, l'annumération leucocytaire dans le LCR avec plus de 5 globules blancs par mm3, une anomalie du parenchyme cérébral ou une anomalie à l'électroencéphalographie. Concernant un peu d'épidémiologie, les méningites virales sont les méningites les plus fréquentes. On retrouve l'entérovirus qui est la première cause de méningite virale chez l'enfant de moins de 1 an avec des pics en été et ou en automne. On retrouve aussi le parécovirus humain qui est retrouvé chez les enfants de moins de 3 mois. On a aussi l'herpès virus simplex et le virus varicelle zona qui, eux, entraînent plutôt des encéphalites. Elles sont retrouvées de manière rare mais peuvent être très graves. Concernant les infections bactériennes, elles sont toujours d'urgence diagnostique et thérapeutique. On peut avoir, par exemple, pendant la période néonatale, une transmission materno-fétale, surtout avec le streptobé, qui est le streptococcus agalactiae. On a une diminution des infections à hémophilus, influenzae, pneumocoque et à méningocoque grâce notamment à la vaccination qui est devenue obligatoire chez les nourrissons depuis 2018. Et il faut savoir qu'une méningite bactérienne sans traitement peut évoluer vers une encéphalite qui peut être grave, voire mortelle. Concernant les infections fongiques, elles sont plutôt rares, liées souvent à une immunodépression. Pour les patients infectés par le VIH, on peut retrouver le cryptococcus néoformans. Actuellement, au CHU Nord de Saint-Etienne, chez tous les enfants qui ont une ponction lombaire, on réalise le test multiplex BioFire filmarray méningite encéphalite. Le panel de ce test comprend 7 virus avec l'antérovirus, le parucovirus humain, l'HHV6, le virus varicella zona, le virus herpes simplex de type 1 et de type 2 et le cytomégalovirus. Pour les bactéries, on a 6 bactéries, l'Escherichia coli, l'Esteria meningitidis, l'Esteria monocytogenes, le pneumococque, le streptobé et l'hémophilus impionzé. Et on a également une levure, le cryptococcus néoformans. Concernant le LCS, on analyse aussi ce LCS, on regarde 3 choses. On regarde l'aspect macroscopique, voir si le LCS est clair, trouble, xanthochromique, hémorragique ou coagulé. On regarde aussi l'analyse cytologique avec les globules blancs, globules rouges et formules leucocytaires. L'analyse biochimique, on a la glycorachie, la lactatorachie et la protéinorachie. Et en parallèle, on regarde dans le sang la CRP et la glycémie. Donc la glycémie, on l'utilise pour pouvoir analyser la glycorachie. Donc on fait le rapport glycorachie sur glycémie. Et donc on regarde s'il n'y a pas d'infection, le rapport glycorachie sur glycémie, on aura la glycorachie qui correspond à 2 tiers de la glycémie. On aura une protéinorachie qui sera comprise entre 0,15 et 0,30 g par litre. Une lactatorachie entre 1,1 et 2,8 mmol par litre. Et une CRP qui sera inférieure à 5 mg par litre. En cas d'infection neuroménagée virale, on aura donc tous les paramètres qui peuvent être normaux. Ou alors une protéinorachie et une CRP qui peuvent être légèrement élevés. En cas d'infection bactérienne neuroménagée, on va avoir le rapport glycorachie sur glycémie qui sera abaissé. Et la protéinorachie, la lactatorachie et la CRP qui sera plus augmentée que la normale. Attention, la protéinorachie, elle peut être augmentée en cas de maladie inflammatoire chronique. Donc si il n'y a pas d'infection neuroménagée, on peut quand même avoir une protéinorachie qui peut être augmentée. La CRP peut être augmentée aussi en cas d'infection bactérienne autre que neuroménagée. Notamment par exemple s'il y a une infection urinaire ou une infection respiratoire bactérienne. L'objectif de notre étude était de vérifier s'il y avait une possibilité de réaliser un algorithme décisionnel en utilisant les analyses cytologiques et biochimiques. Afin de pouvoir limiter la prescription des tests multiplex biofire qui sont tous. L'étude a duré pendant deux ans. Du 13 novembre 2021 au 13 novembre 2023 au CHU Nord de Saint-Etienne. Où tous les enfants inférieurs à 18 ans chez qui on a pratiqué une ponction lombaire, on a réalisé systématiquement le biofire filmarray méningite en céphalite. Pour les enfants, on avait un âge médian de 9 mois avec un ratio garçon-fille de 1,7. Durant cette période de deux ans, on a eu 366 prélèvements. Après les critères d'exclusion, on avait au final 320 prélèvements inclus dans l'étude. Pour ces 320 prélèvements inclus, on a comparé les résultats de la PCR multiplex biofire avec les résultats de la culture bactérienne des PCR ciblés spécifiques et de la PCR 16S. On a obtenu au final trois groupes de diagnostic final. On avait un groupe virus, un groupe bactéries et un groupe négatif. Et on a comparé les analyses cytologiques et biochimiques de ces trois groupes. Et enfin les statistiques ont tous été réalisées avec le logiciel R. Parmi les 320 prélèvements, qui ont été inclus dans l'étude, on avait 225 LCS qui avaient un résultat négatif au test multiplex biofire. Et on avait 95 résultats qui étaient positifs au test multiplex biofire. Parmi ces 95 LCS positifs, on avait 92 LCS qui étaient positifs à un micro-organisme. Et 87 LCS positifs à un virus. Parmi ces 87 LCS positifs à un virus, on avait 81 LCS réellement positifs, où la PCR spécifique était positive à ces virus. Donc on avait au final 73 antérovirus, 4 parécovirus, 1 VZV et 3 HHV6. Les 6 autres qui étaient positifs à un virus initialement avec le test multiplex biofire, parmi ces 6 là, on avait un LCS qui a poussé en culture, où on a retrouvé 2 bactéries, une Phinégoldia magna et une Prévotella melaninogenica. Et la PCR spécifique en HHV6 était négative pour ce LCS. Et en regardant de plus près le dossier clinique, on a vu que c'était une méningite nosocomiale bactérienne. Donc avec un faux positif en HHV6. Ensuite, on avait 5 autres LCS qui étaient initialement positifs en HHV6. Et parmi ces 5 là, recherchés en PCR spécifique, on a retrouvé du coup une PCR négative en PCR spécifique en HHV6. Donc 2 faux positifs par le test biofire. Et 3 autres qui ont bien été détectés en PCR spécifique, mais qui en fait correspondaient à une intégration chromosomique. Je vais revenir dessus tout à l'heure un peu plus en détail. Parmi les 92 LCS positifs à un micro-organisme, on avait aussi 5 LCS positifs à une bactérie. 4 LCS étaient bien positifs à une bactérie. Donc c'était bien 4 infections bactériennes. Parce que soit elles étaient retrouvées en culture, soit retrouvées avec la PCR spécifique de la bactérie en question. Donc on avait 3 méningococques et 1 streptobie. Et on a eu 1 faux positif en test multiplex et qui était négatif. Donc en PCR spécifique en HHV6. Parmi les LCS positifs, on avait 3 LCS qui étaient positifs à 2 micro-organismes en même temps. On a réalisé les PCR spécifiques parce qu'il est rare d'avoir 2 micro-organismes en même temps dans le LCS. Donc on a réalisé pour chaque micro-organisme retrouver une PCR spécifique. Et donc on a retrouvé 2 LCS qui étaient des infections virales. Parce qu'il y avait une PCR spécifique en hémophilus qui a été retrouvée négative. Et donc le LCS était positif à un antérovirus. Et le deuxième, on retrouvait un Echirichia coli qui n'a pas été retrouvé en PCR spécifique. Et par contre le parécovirus avait bien été retrouvé. Donc 2 infections virales avec un antérovirus et un parécovirus. Un dernier LCS où le pneumocoque n'a pas été retrouvé avec la PCR spécifique. Et l'hémophilus infironsé avait été retrouvé. Donc une infection bactérienne. Et donc au final on n'avait pas 2 LCS avec 2 micro-organismes. Concernant les LCS maintenant qui ont été retrouvés négatifs en test multiplex biofire. On avait 225. Parmi ces 225, 8 LCS étaient positifs en culture. Donc une fois qu'on a vu la culture, on allait regarder dans les dossiers cliniques si c'était considéré si les patients avaient des infections de neurones mélangées ou non. Donc si on considérait la bactérie ou si on considérait que c'était une contamination. Donc parmi ces 8 LCS, on avait 4 LCS chez qui on a considéré que c'était une contamination au niveau de la culture. Parce qu'ils n'avaient pas d'infection de neurones mélangées. Donc on a retrouvé un streptococcus gordonii, un staphylococcus warneri, un propionibacterium acnes et un bifidobacterium pseudo-cathénulatum. Ensuite, on avait 4 autres LCS qui étaient positifs en culture et chez qui on a retrouvé une infection de neurones mélangées. Parmi ces 4 là, on avait 3 patients chez qui on a retrouvé une méningite nosocomial. Donc c'était en post-opération. Donc on a retrouvé un LCS avec du pepnoniphilus SPP et du staphylococcus aureus, un staphylococcus epidermidis, une clepsiella pneumonier. Et donc ces 3 là, c'était des méningites nosocomiales. Et enfin, un dernier, on a retrouvé une hystéria monocytogénes. Donc cette bactérie est présente dans le panel du BioFire. Mais attention, en fait, la culture pour ce patient, on a retrouvé en fait la hystéria sur un deuxième LCS qui a été fait 3 jours après la première où on avait fait le test BioFire multiplex. Je vais revenir tout à l'heure dessus. Et enfin, donc parmi les LCS négatifs en PCR multiplex, on avait 217 prélèvements qui étaient négatifs en culture. Et par contre, 3 prélèvements parmi ces 217 qui étaient positifs avec une autre PCR. Donc on a retrouvé 2 virus qui ne sont pas présents dans le panel du test BioFire. Donc un adénovirus et un virus de l'encéphalithatique. Et on a retrouvé un antérovirus qui était positif dans la gorge et dans le sang. La PCR spécifique de cet antérovirus dans le LCS était négative, mais positive dans la gorge et dans le sang. Et il avait, le patient, un syndrome méningé. Donc on a considéré que c'était une infection virale, notamment une méningite virale à antérovirus. Et enfin, 214 qui étaient réellement négatifs après, qui étaient négatifs en PCR spécifique ciblé ou négatifs en culture et négatifs avec le test BioFire. Donc au final, on retrouve 86 infections virales, donc dans le groupe virus, 10 infections bactériennes, dans le groupe bactéries, et 224 au LCS sans infection, donc dans le groupe NEC. Là, si on reprend un peu l'épidemiologie durant l'étude, on a regardé le nombre de tests positifs par mois pendant la durée de l'étude, donc de novembre 2021 à novembre 2023. Et là, on va détailler un peu les cas qu'on a retrouvés. Donc en rouge, on voit les infections bactériennes et en bleu, les infections virales. Ensuite, on a comparé les trois groupes, on a comparé les analyses cytologiques et biochimiques des trois groupes qu 'on avait, donc virus, bactéries et NEC. Et on voit, donc pour les prélèvements non hémorragiques, qu'on a une différence statistiquement significative entre les trois groupes et avec un nombre quand même de globules blancs significativement plus élevé en cas d'infection bactérienne. C'est ce qu'on voit dans la littérature. Si on regarde de plus près le nombre de LCS par rapport au nombre de globules blancs qui a été retrouvé dans ce LCS, et qu'on regarde les seuils qui sont définis pour notamment faire des algorithmes décisionnels, on a un seuil de 25 globules blancs par millimètre cube et qu'on utilise, nous, au laboratoire du CHU Nord de Saint-Etienne pour les infections adultes notamment. Donc on voit que si on utilise ce seuil, donc on a bien les infections bactériennes qui sont au-dessus du seuil de 25, mais on a quand même 34 LCS, donc 40% des infections virales qui se retrouvent en dessous du seuil de 25 globules blancs par millimètre cube. On a 10 globules blancs par millimètre cube qui est utilisé pour certains algorithmes décisionnels. On a 23% des infections virales qui sont en dessous de ce seuil. Et si enfin on utilise le seuil le plus petit qui est décrit dans la littérature de 5 globules blancs par millimètre cube, on retrouve 11 infections virales en dessous du seuil de 5 globules blancs par millimètre cube. On retrouve 7 entérovirus, 2 HHV-6, 1 parécovirus et 1 adénovirus. Si on regarde maintenant la lactatorachie, on voit qu'il y a une différence statistiquement significative entre tous les groupes avec une lactatorachie qui est significativement plus élevée en cas d'infection bactérienne. Si on regarde la protéinorachie, on voit qu'on a une différence statistiquement significative entre tous les groupes avec une protéinorachie qui est significativement plus élevée en cas d'infection bactérienne. C'est ce qui est décrit dans la littérature. Et on voit aussi dans le groupe négatif qu'on a quand même quelques cas de patients avec une protéinorachie élevée, mais c'est ce qu'on a dit en introduction. C'est notamment parce que la protéinorachie peut être augmentée en cas de maladies inflammatoires chroniques. Si maintenant on regarde la CRP, on voit qu'il y a une différence statistiquement significative entre les infections bactériennes et les deux autres groupes, mais pas de différence entre le groupe virus et le groupe négatif. Et on voit notamment que le groupe négatif a une moyenne de CRP plus élevée que le groupe virus. Ce qui s'explique parce que chez ces patients, on a retrouvé une infection urinaire ou une infection respiratoire bactérienne qui ne sont pas des infections neuroméningées. C'est pour ça qu'on les a mis dans le groupe négatif. Si on regarde de plus près pour la CRP, le nombre de LCS en fonction de la CRP, et qu'on regarde le seuil de 22 mg par litre de la CRP, c'est le seuil qui permet de dire si on a une infection bactérienne ou pas. On voit que la plupart des infections bactériennes sont plus élevées que le seuil, mais on a quand même deux infections bactériennes, une clepsie à la pneumonie et un staphylococcus epidermidis, qui sont en dessous de ce seuil de 22 mg. C'est notamment parce que c'est des infections nosocomiales et que la CRP est en général un peu plus basse que le seuil de 22 mg par litre. Et enfin, si on regarde le rapport glycorachie sur glycémie, on voit qu'il y a une différence statistiquement significative entre les infections bactériennes et les deux autres groupes, mais pas de différence significative entre le groupe négatif et les infections virales. On voit que les infections bactériennes sont significativement plus basses que les autres, c'est ce qui est décrit dans la littérature. Et pareil, c'est bien décrit que les infections virales peuvent avoir un rapport normal de la glycorachie sur glycémie. Si on regarde maintenant les courbes ROC de ces différents paramètres, par exemple pour les infections virales, on voit que le paramètre qui permet le moins de distinguer les infections virales des autres infections, c'est la glycorachie, avec un AUC à 0,5. Et on a le plus bon paramètre pour définir une infection virale, c'est les globules blancs, mais qui a quand même un AUC à 0,76, qui est quand même faible. Si on compare avec les infections bactériennes, on voit que les courbes ROC sont beaucoup plus jolies, avec des AUC qui sont supérieurs à 0,70, et avec des très bons AUC pour les globules blancs et la lactatorachie. Et on voit que la lactatorachie est le meilleur paramètre pour définir une infection bactérienne. Pour conclure, devant le coût de la PCR multiplex, il y a plusieurs équipes qui ont proposé un algorithme décisionnel chez les enfants, avec des seuils de 25 globules blancs, de 10 globules blancs ou de 5 globules blancs par millimètre cube. Mais on voit bien que cet algorithme ne fonctionne pas pour notre population, surtout avec les infections virales, où on ne peut pas passer à côté de 11 infections virales si on prend le seuil le plus bas. Et on a bien vu qu'il n'y a pas de marqueur prédictif pour définir une infection virale. À savoir aussi le test antérovirus CFN, que j'ai dit précédemment, c'est un test d'urgence qui est utilisé par de nombreux laboratoires avec de la pédiatrie, mais qui n'est plus commercialisé. Donc pour réaliser un test d'urgence, le test BioFire est quand même pratique et facilement utilisable. Pour du 24 heures sur 24, 7 jours sur 7. Il faut bien se rappeler qu'un faible nombre de globules blancs dans l'ELCS peut correspondre à une méningite antérovirus et aussi à une encéphalite à herpès de type 1. On n'en a pas eu dans notre étude, mais ça peut être très grave si l'enfant n'est pas traité. Et donc comme je l'ai dit, il n'y a aucun marqueur qui n'est prédictif pour les infections virales, mais identifier un virus, ça permet quand même de limiter la prescription d'antibiotiques et de limiter le temps d'hospitalisation. Et donc l'utilisation systématique de la PCR multiplex BioFire est justifiée devant tout tableau de méningite et ou encéphalite en pédiatrie 24 heures sur 24, 7 jours sur 7. Et attention aux faux positifs, notamment de démophilus enfiancé ou de pneumococque, malgré l'utilisation de PSM et de précautions d'hygiène. Et attention aussi à la HHV6 où il y a les cas de faux positifs ou d'intégration chromosomique. Et à l'avenir, l'utilisation du NGS permettrait d'identifier les étiologies actuellement non recherchées. Merci pour votre attention.